郑芝龙派出的这支敢死队虽然作战意志还算坚定，但双方在船只性能、武器威力、作战方式等方面都仍然存在着无法弥补的差距，在交战中并不足以扭转不利的被动局面。虽然的确起到了延缓敌军舰队前进的作用，但这基本就是靠付出一条条的人命交换得来。而联军屠戮他们的速度，让这种代价巨大的付出显得非常的不划算。
尽管海盗们已经是拼死作战，但他们与联军舰队交战的时间也并没有比前一支被击溃的海盗船队更长，仅仅不到一个小时，海盗船队中就已经看不到完好的帆船了。而那些贴近海汉战船试图用跳帮战术来实施杀伤的海盗船，大部分都已经因为被炮火抵近轰击而沉没或倾覆了。
在方圆大约三四海里的海面上，到处都漂浮着船板碎片和海盗的尸体，仍在着火燃烧的海盗船至少也有十几艘，不过已经没有谁会在意这些缓缓下沉中的帆船上是否还有活口了。
此时已到了傍晚时分，太阳正在慢慢落向海平面，对于联军舰队来说，必要赶在入夜之前完成对马公港的第一波进攻，并争取能够夺取到登陆的滩头。否则入夜之后，这么一支庞大的舰队要在距离敌方仅仅十海里左右的海上安顿下来，其实是一件极其危险的事情。
“让福建水师垫后清理战场，我们的舰队尽快重新编队进发，天黑之前，我要踏上澎湖的土地！”王汤姆此时也是十分地着急。他倒不是很担心自己的舰队是否能够顺利攻取登陆点，而是怕十八芝趁着这段时间已经完成了大部队的转移。虽然军方的确是打着驱赶而非剿灭的主意在进行这场战事，但如果让十八芝的主力毫发无伤地撤走，那其实也算是军方的一种失职。而且这个操作失误的锅还必须由海军来背，毕竟陆军到目前为止都几乎还没有参加到战斗中来。
半个小时之后，王汤姆接到石迪文用电台传回的消息，马公港正有大股船队源源不断地往外涌出，看样子十八芝并没有来得及完成转移计划，而这也正是联军所期望看到的情形。
“石迪文部、罗杰部负责封锁港口的进出航道，其他舰只随同我部，在预定地点展开登陆作战！”颜楚杰作为此次行动的总指挥，通过电台向其他两支舰队下达了总攻的作战指令。
马公港的港湾出口正好是朝向西边，而联军舰队是自西向东杀过来，双方都是在比较远的距离上就发现了对方的存在。惊慌失措的海盗船队正面撞上战意正浓的联军舰队，几乎是被锋利刀锋切入的豆腐一样，轻易地就被分切开来。而十八芝一方似乎已经完全失去了指挥体系，在这种混乱的场面下没有人组织起像样的抵抗，所有人都在试图尽快逃离这个战场。
王汤姆在战前所选定的登陆地点位于马公港北侧的半岛上，所有人都提前打起了精神准备迎接一场恶战，但实际的情况却是让负责掩护的舰队根本无从发挥，这里根本就没有任何的岸防措施，并且从望远镜中也看不到成建制的武装人员在岸边活动。随后赶到的运兵船几乎毫无阻碍地靠岸实施了登陆，根本就没有想象中来自十八芝的阻击出现。
“看样子是我们把战斗想得太艰难了？”王汤姆对于这样的景象也有些惊讶和无可奈何。
海汉在开战之前做了大量的准备工作，甚至为了实施登陆作战，还专门进行了船体改造和登陆演习，所花费的人力物力财力都不是小数目。不过从目前的状况来看，这些准备工作似乎都显得有点多余了。第二艘运兵船已经顺利靠岸，当两个连的陆军下到岸上架设起一道外围防御线之后，几乎已经可以确定十八芝很难再组织起有效的反扑把海汉民团重新赶下海了。
“我认为这可能是因为十八芝的主力作战部队已经撤走了。”钱天敦发表了自己的看法：“想必郑芝龙现在已经不在马公港了，不然也不至于乱成这样，这分明就是树倒猢狲散的景象。”
钱天敦所料的确不差，郑芝龙在派出了第二支船队后不久，便离开了马公港。不过他并不是从这里乘船出海，而是折向澎湖岛内陆，横穿澎湖之后，在岛东北端的白坑渔村搭船出海。
郑芝龙之所以选择这种比较麻烦的撤离方式，也是有他自己的安全考虑在里面。首先如果他在众目睽睽之下从马公港率先离开，那么对于仍然没有来得及撤离的人员来说无疑会有一种被抛弃的感受，很容易引发大的混乱不说，而且对他个人在十八芝中的形象也会起到负面影响。其次他很担心对手的船队随时杀到马公港，那时候即便船已经出海，也很难逃过海汉人那种高速战船的衔尾追杀，因此他选择了从澎湖岛的另一头出海，在离开澎湖海域之后再寻求与大部队的会合。
值得庆幸的是郑芝龙所派出的两支阻击船队虽然都很快战败，但的确为十八芝争取到了非常宝贵的一段撤离时间，岛上的青壮几乎都已经在联军舰队抵达之前一个小时撤离了马公港，以最快的速度往北方逃窜。被联军舰队堵在马公港的，几乎都是散兵游勇和装载闲散人员的船只了。
“追吗？”王汤姆看着已经接触到海平面的夕阳，征询颜楚杰和钱天敦的意见。
“算了，安全第一。今天还是先把马公港清理下来再说，明天再派船队去撵一撵十八芝的屁股吧。”颜楚杰稍一犹豫，最后还是选择了放弃追击。
钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”
两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。
在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内陆，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大陆。
颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会出现了，十八芝接连驶出丢车保帅的招数，已经表明了他们没有打算在澎湖岛上再组织像样的抵抗。这样一来联军要实现占领澎湖的作战意图就十分轻松了，只要逐岛进行清理就行。
在军官们上岸享用晚餐的时候，福建水师送来了另一个消息，根据之前海战所俘获的海盗交代，下午在海上交手的第二波海盗船是由十八芝首领之一的郑芝莞指挥，而郑芝莞本人的坐船已经在交战中被海汉舰队用火炮击沉，估计是不太可能生还了。至此十八芝的首领中已经有三人战死，三人被擒，这个战果已经足以让福建官府对朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之后，许心素为首的福建军方高层也全部在马公港登陆上岸，与海汉指挥人员磋商接下来的行动安排。
“明天我们会派出两支舰队继续往北进行追击，杜绝十八芝回头的可能。”颜楚杰言简意赅地说道：“另外希望明军能够配合我们对岛上展开地毯式的搜索，把可能隐匿在岛上的海盗残余分子清理干净。”
“颜将军放心，虽然水师在海战中出不了多大的力，但在岛上搜捕海盗一事，本官定会亲自督办，务求将残敌一网打尽！”许心素立刻拍着胸脯表了态。
尽管双方这次是用混编的方式组织了联合舰队，但真正开打的时候，也只有几艘从海汉购买的新式战船在一线参与了战斗，而明军水师的其他船只都只是在外围控场捡漏。许心素出钱出力，也是抱着锻炼自己亲军的念头，不过十八芝主力都已经逃了，接下来显然没什么大仗可以练兵了，也只能把这搜岛的差事当作主要任务了。
当天晚上，又陆续有人赶到马公港的联军驻地投诚，其中还夹杂着好几个福建官府安插在澎湖这边的探子。根据这些人所提供的情报，联军指挥部基本可以确定十八芝的主力已经撤离了澎湖，乘船北上前往琉球的某处岛屿。而目前仍然滞留在澎湖列岛上的十八芝人员，至少还有四五千人之多。不过剩下这些人里面已经没有多少穷凶极恶之徒，在缺乏组织的情况下也难以再有什么的像样的抵抗出现了。
5月2日凌晨，石迪文和罗杰各自率领舰队驶离了马公港，他们的任务是向北追击十八芝的船队，确保他们不会再半路杀个回马枪。但因为已经过去了一夜时间，十八芝的船队至少已经逃出去五六十海里远，饶是海汉舰队的航速较快，想要在短时间内追上十八芝的船队也不太现实了。因此王汤姆给他们下达的任务并不是死追不放，而是划定了一段距离，到了这个距离就选择折返回来，不以杀伤敌人为目标。而明军水师则是负责清剿澎湖列岛中的周边小岛，联军指挥部认为这种低烈度的作战任务也正好适合他们的战斗力水平。
船队出发之后，陆军协同明军也开始向东进发，对澎湖岛进行清理。十八芝的主要据点就离马公港仅仅数里之遥，数百名顽固分子占据了这个由荷兰人在其占领时期修筑的小型城堡，并且试图通过使用土炮鸟铳等武器来负隅顽抗。不过在海汉陆军拖出四门12磅炮把城堡大门轰了个稀烂之后，里面的海盗立刻便选择了投降。
城堡内的状况跟昨天的马公港一样混乱，到处都是十八芝在撤离时扔下的各种物品，但部队搜查之后并没有找到什么特别有价值的东西。根据俘虏的交代，城堡内剩下不多的粮食，在昨天的混乱中已经被瓜分干净了。至于墙头上架设的土炮火铳，其实大部分都是已经报废的样子货，根本就打不响，这也让先前以为遇到硬骨头准备要打一场的民团陆军有些泄气。
毕竟海军多少还打了两场仗，再不济已经有战功垫底了。而陆军从昨天登陆以来，却连一场像样的交战都没有，好不容易碰到个堡垒有人据守，结果放了两轮炮就投降了。这么打下去陆军只怕是一点军功都捞不到了，而军官们开战之前大肆嘲笑海军只能当运输队的话还历历在目，此时却是被打脸打得啪啪作响了。
高桥南在第一时间就从俘虏中随机挑选了二十人，押到旁边分作两队进行审问。他要知道岛上哪里还有海盗的据点，以便能够尽快赶去剿杀。要是动作慢了被明军抢在了前面，那他可是真没脸向钱天敦交代了。
在当着俘虏们的面接连砍了三个不肯合作者的脑袋之后，剩下的俘虏都被吓得不轻，恨不得能把祖宗十八代的族谱都背出来。高桥南也并不担心自己的做法会被举告，他的这种方法简单粗暴但极其有效，当初在安南打仗的时候就曾经多次依靠这种手段获取了重要情报，军方高层也就一直很放任他用比较暴力血腥的手段来获取战时情报。毕竟在战场上只问战果，不问过程，没人会在乎敌人的死亡率有多高。